水晶除了用來裝飾之外，部份人會利用水晶所發出的能量來改善運程、加強運勢，甚至乎治病等等，所以小心保養水晶是有必要的，因為水晶如受到汙染，便會破壞到其功效及本身應有的光彩。
水晶的保養稱為清洗，即消磁和凈化。無論妳把水晶作為飾物、擺設或幻想使用水晶的神奇力量，水晶買回來均需要先清洗才能達到有效的作用。因為水晶從開采的那壹刻直到妳的手中，經歷過不同人的接觸，水晶的物理記憶性會將他們的思想、運程及身狀況完全記錄下來。
所以我們要先把水晶中所有存在的信息記錄完全清除，以便輸入自己的信息，這樣使用水晶時，妳便不會受前人的影響。
1、陽光消磁清洗法：
只要將晶石放於可被陽光直接照射的位置，例如窗臺及露臺等；照射時間約為30分鐘至1小時。
註意事項：
(1)晶石在陽光照射下會產生聚焦作用，如在晶石附近擺放了紙張或其它可燃燒物品，會有引起火險的危險。
(2)但如果晶石的色原素含有銅與鐵，便不適用於此類清洗方法，由於此等物質在陽光底下受到長時間照射，會產生氧化作用，因而令到晶石退色。含有銅與鐵的色原素包括有紅色或紫色等水晶石。
2、月光星晨照射法：
清洗方法：
每逢農歷十五月圓之夜，由於當夜是月亮的光芒特別強，正是曬石的好時機，曬石方法非常簡單，只要將晶石放於露臺或窗邊，接受月光照射壹晚的時間即可。此外，亦可在天朗氣清，星光閃閃的晚上，將放在露臺上，讓它吸收星光的精華，以達到凈化晶石的效果。
另外，除了月圓之夜外，亦可選擇月圓的前後幾天，同樣適合此類曬石方法。
註意事項：
如接受照射的是紫色或紅色的晶石，請緊記必須在翌日中午之前將晶石收回，否則日間的猛烈陽光會影響晶石的色素，令之退色。
3、海鹽浸洗法：
清洗方法：
將晶石放進壹杯以適量海鹽洋(或粗鹽)開勻的鹽水中，浸三至四個小時，即可消解晶石周圍的磁場。
註意事項：
(1)如晶石是鑲嵌在金屬物中制成飾物，如戒子、吊咀等等，則請先將晶石拆離金屬物才放進鹽水浸泡，否則會影響到金屬物表面的色澤與亮度。
(2)請留意，此類清洗方法或會令到晶石的內含物在清洗後有所改變。
4、清水凈化法
可以將晶石放在水龍頭下沖洗約二十分鐘，能平衡晶石的負性能量。
5、晶簇凈化法
將晶石放在晶簇上面，透過晶簇發出的能量來為晶石充電、同時又能清除水晶的雜質，達到消解晶石磁場的效果。此清洗晶石方法可每日行之，只要不佩戴晶石時將晶石放進晶簇內，便可不停為晶石充電，並增加晶石的能力。
6、自然清洗化
只要將水晶放於郊野之地，讓寧靜和諧的大自然萬籟之聲，來凈化晶石的磁場，此清洗方法同時能增加晶石的能量。
註意：水晶是不能沾染任何含有化學成分的清潔劑及其他物品，因此我們在沐浴、洗臉、洗手、洗碗、遊泳等情況下不要佩戴水晶飾品。這樣容易破壞純天然水晶的表面。
二、水晶的日常存放
1、請不要佩戴首飾洗澡，洗碗或者遊泳等，若清理不善，化學物品(如:沐浴露，洗潔精等)均會貼附在水晶表面。
2、請記住在使用化妝品後再佩戴首飾，如噴灑香水和美發用品後再佩戴
3、平時不佩戴時，將首飾放在密封首飾盒或絨軟袋內保存，要避免長期暴露在潮濕空氣中或強烈陽光直接能照射到的地方，防止與空氣接觸而氧化變黑。
4、首飾佩戴後可以用幹凈的軟布擦拭,能夠保持它獨有的光澤。如果弄臟了水晶，可以用輕軟而不含絨毛的布料擦拭幹凈。除塵時力度要輕，避免刮破水晶。
5、清洗時不要用水、濕布或使用任何珠寶清潔劑或超聲波清潔儀，以免造成褪色與氧化。
6、水晶性脆，註意防止防摔和高溫。正確的護理和保存方法,可保證妳的首飾恒久美麗，富有光澤。