1950年，故宮文獻館改為檔案館，成為專門保管清歷史檔案的專業機構，1955年故宮檔案館劃歸國家檔案局領導，改稱中國第壹歷史檔案館，並從各地藏有清檔案的單位和個人手中征集和接收了清檔案近四千箱(約400余萬件)，使中國第壹歷史檔案館所藏的檔案數量增加了近壹倍，檔案全宗也由原來的十幾個達到了70幾個。但是，目前國內壹些機關、團體、學校及個人手中，甚至外國的壹些檔案館、博物館、圖書館和私人手中還收藏有不少清代檔案。此外，臺灣故宮博物院收藏有宮中檔、軍機處檔、清史館檔、實錄、起居註、詔書、國書、本紀、滿文老檔及雜檔等，***計三十九萬二千多件；從中選編出版了《海防檔》、《中法越南交涉檔》、《中俄關系史料》、《礦務檔》、《宮中檔》、《舊滿洲檔》、《清太祖武皇帝實錄》、《道鹹同光四朝奏議》、《袁世凱奏折專輯》、《年羹堯奏折專輯》等檔案史料匯編。
目前，中國第壹歷史檔案館是保存清代檔案最多、最集中的地方。它收藏有清朝中央機構及地方官衙、個人、王府的檔案，***約九百多萬件。在時間上起於清入關前1607年，止於宣統三年(1911)。此外，清朝末代皇帝溥儀退位後住在紫禁城及寄居天津時期的檔案亦包括在內。這些檔案的所屬全宗分別為：內閣、軍機處、內務府、宗人府、宮中各處、吏部、戶部——度支部、禮部、兵部——陸軍部、刑部——法部、工部、外務部、學部、農工商部、民政部、巡警部、郵傳部、理藩部、樂部、責任內閣、弼德院、都察院、資政院、翰林院、大理院、會議政務處、督辦鹽政處、總理練兵處、清理財政處、管理前鋒護軍等營事務大臣處、侍衛處、禁衛軍訓練處、尚虞備用處、京城巡防處、京防營務處、京城善後協巡總局、禁煙總局、順天府、會考府、軍諮府、醇親王府、憲政編查館、修訂法律館、國史館、方略館、太仆寺、太常寺、光祿寺、鴻臚寺、神機營、健銳營、火器營、欽天監、國子監、大清銀行、近畿陸軍各鎮督練公所、京師高等審判廳檢查廳、長蘆鹽運使司、鑾儀衛、八旗都統衙門、步軍統領衙門、山東巡撫衙門、黑龍江將軍衙門、寧古塔副都統衙門、琿春副都統衙門、阿拉楚喀副都統衙門，以及溥儀、端方、趙爾巽等。檔案的種類和名稱不下百余種，包括有皇帝發布的命令文書，如制、詔、誥、敕、諭、旨等；有官員向皇帝的奏報文書，如題本、奏折、賀表、箋文等；有記載皇帝言行和政務活動的檔案，如起居註、實錄、聖訓、本紀、方略等；有記載皇室和皇族事務的檔案，如玉牒、星源吉慶、皇冊等；有各衙門之間的來往文書，如咨文、移會、劄、稟、呈、函等；有外交文書——照會等；此外還有電報、輿圖、史書、清冊、各種檔冊、人物傳記等。這些檔案，絕大部分使用漢文或滿漢文合璧書寫，有壹部分專用滿文的，也有少數使用蒙、藏等少數民族文字書寫。此外還有英、法、俄、日等外文檔案。這些檔案史料內容豐富，幾乎包括了政治、經濟、軍事、外交、文化、教育、藝術、天文、地理、氣象、民族、外國侵略、人民革命運動以至宮廷生活、典章制度等各個方面。這些清檔案數量之巨、種類之多、內容之廣，在全國絕無僅有，是中國目前歷史檔案中保留數量最多、最為完整的部分，也是中國歷史上稀有的文化遺產和寶貴的社會財富。