中法戰爭爆發後，法軍曾壹度企圖占領中國臺灣省，但因臺灣省軍民忠心反對而失敗。法國遠東艦隊隨即開始封鎖臺灣省，以切斷臺灣省守軍的外援。首戰成功後，為防止法軍魚雷攻擊，第三南陽艦總指揮吳安康派出三艘舢舨，各裝1綠炮，在鎮海口外徹夜巡邏。3月2日晚8時，法國魚雷艇真的來偷襲了，被巡邏艇打得狼狽逃竄。3月3日上午，1法國軍艦再次襲擊鎮海炮臺，遭到中國守軍的猛烈炮擊。桅桿和煙囪被招寶山炮臺的炮火擊中，船尾被“陳楠”號和“南瑞”號擊中，冒著黃煙逃出港口。
幾次進攻失敗後，法軍總結經驗，將軍艦駛出南洋三號艦的火炮射程，集中力量進攻鎮海口南岸的小港炮臺。而浙江巡撫李歐陽之前已經撤走了炮臺的火炮，只在炮臺裏插了幾面旗子作為疑兵。法國軍艦未能探測到，於是自以為有了計劃，連續幾天轟炸堡壘，浪費了大量彈藥。
從此，法國艦隊只好天天在港外巡航，直到中法停戰，再也不敢進犯鎮海。南洋水師3艦配合鎮海守軍，最終取得鎮海保衛戰的勝利。
北洋水師是中國第壹支現代海軍，可以說是中國重視海權的開始，但是命運多舛，結局大家都知道。
財政問題:北洋水師原本每年需要1.7萬兩，經過多次削減，只有90多萬兩，難以維持經常性的人員經費，更不可能增加裝備。
自主性問題:嘗試自己制造新船和火炮。但結果並不理想，不僅成本貴，而且造艦炮也差得不能和洋人比。被外國人騙了，但是戰時，還得被他們控制。
法國艦隊襲擊福建海軍馬尾海戰爆發。
1884年8月23日，法國艦隊進攻福建水師，馬尾海戰爆發。馬尾，或稱馬江，是福州閩江下遊的壹段，馬尾港是福建海軍的基地。在中法戰爭中，侵略者利用清政府優柔寡斷，猶豫不同意，再以武力配合外交訛詐，迫使清政府就範。1884年7月中旬，法國海軍中將率領艦隊以“旅遊”的名義駛入馬尾軍港。閩浙總督何荊夫、船政大臣何，在李鴻章對外讓步妥協政策的影響下，深怕得罪侵略者，影響中法“和談”和列強“調停”。他們沒有采取預防措施，而是舉行了隆重的歡迎儀式，對準備襲擊法國海軍的法國艦隊進行了“友好接待”。以及“嚴禁水師先開火，違者必敗。”就連港內的海軍船只也禁止移動，以免讓法軍產生懷疑。8月21日，中法談判破裂。23日上午，何荊夫在福州接到領事挑戰後，向海軍官兵封鎖消息，禁止官兵“輕舉妄動”，希望乞求法軍推遲進攻。下午壹點過後，法艦向福建水師開火。福建水師沒有做任何戰鬥和防禦的準備就趕回來了。大多數船只在起錨前就被法國軍隊的大炮擊傷並擊沈了。海戰後不到30分鐘，11福建海軍艦艇和19運輸艦全部被擊毀。521官兵犧牲，150受傷，51下落不明。法軍方面，5人陣亡，15人受傷(含孤拉)。與此同時，法軍炸毀了福州造船廠、海峽兩岸的炮臺和洋務學堂經營了近20年的無數房屋。馬尾辮被打敗了。
中國清朝海軍建設的不幸還包括始終沒有建成統壹的海軍。中法戰爭後，北洋水師、楊民水師、南洋水師和嶽陽水師歸南洋水師管轄。三大艦隊壹直以來都是各自為政，甚至嚴格劃分領地，互不幫助。免於毀滅。在沈嘉-閩海危機的四十多天裏，朝廷壹再敦促派船援助。只有廣東水師派出兩三艘戰船在閩江口外巡航，而實力較強的南洋水師和北洋水師以寡不敵眾，沒有足夠的實力守口如瓶為由拒絕出兵。等到皇帝譴責為“實在可恨”而不得不出局時，福建水師已經全軍覆沒。究其原因，還是要追溯到太平天國革命運動的影響。在鎮壓太平天國運動中，中央集權被嚴重削弱，漢族地方軍閥的勢力大大擴張。海軍的建立幾乎成了這些軍閥和政府官員的私事。因此，當甲午戰爭的戰爭陰雲正在朝鮮半島和黃海上空聚集的時候，中國的三大艦隊和沈嘉閩海危機壹樣，仍然跟不上敵人。北洋水師對南洋水師不抱希望，只好以壹隅之力爭取日本國民水師。