1990年後，紅旗渠漳河水源減少工程年久失修老化極為嚴重。
1992年1月10日至13日，水利部副部長嚴克強到冀、豫、晉三省沿濁漳河察看水利工程及水源利用情況，對紅旗渠水源減少及工程老化極為關註。
在北京參加全國人大七屆五次會議的河南省代表團，在代表王寶蓮（女、林縣籍，林縣第壹個全國人大代表），安陽市人大常委會副主任洪文廣積極倡導下，32位代表聯名提出紅旗渠急需更新改造，要求國家給予扶持的議案，引起水利部的重視。
紅旗渠灌區管理局對紅旗渠壹幹渠向化肥廠、火電廠工業供水工程動工復修。
紅英南分幹渠第壹期翻砌鋪底技改工程動工。該工程從小店鄉油村起，到采桑鄉大石嶺止，全長18公裏。
紅旗渠總幹渠青年洞上遊蠶溝渠段被炸，紅旗渠灌區管理局及時組織復修。
河南省計委下文批復，同意紅旗渠進行技術改造，國家給予壹定扶持。整個工程工期5年，總投資7224萬元，幹渠以上列為國家計劃投資2999萬元，其中國家補助1000萬元，省補800萬元，市縣自籌1199萬元，幹渠以下列為地方自籌4225萬元。
1992年8月22日，紅旗渠總幹渠盤陽段兩處渠墻同時破炸，炸毀長度33米，60米嚴重裂縫，盤陽村遭到渠水襲擊，損失慘重。中***林縣縣委、縣人大常委會、縣政府、縣政協及縣人民武裝部領導趕赴現場，分頭做群眾工作，組織救災。紅旗渠灌區管理局及時組織搶險，晝夜不停，冒雨奮戰，恢復通水。此事件為建國以來罕見的爆炸破壞水利工程案件，在沿漳河三省（山西、河南、河北）三縣（平順、林縣、涉縣）反映特別強烈。事件震動全國。
2014年6月26日淩晨3時許，林州紅旗渠總幹渠趙所管理段35+700處出現坍塌，附近村莊受湮，發現險情後，相關部門隨即通知疏散人員並開閘泄洪，尚無人員傷亡報道，各項搶險救援工作正在進行當中。
渠道管理員發現該情況後，當即通知趙所村用喇叭廣播疏散人員，同時上報紅旗渠管理處、林州市防汛指揮部、林州市政府及漳河上遊局，第壹時間啟動上下遊五座泄洪閘泄水。林州市委市政府主要領導，任村鎮、水務局、紅管處、民政局等相關單位負責人先後趕到現場查看情況，掌握災情信息，組織力量搶救群眾財產，指揮搶險救災。
2016年2月17日，安陽市第十三屆人民代表大會第三次會議，紅旗渠申遺被首次寫入政府工作報告。
據紅旗渠申遺第壹建議人、安陽市政協常委趙河銘介紹，紅旗渠最大的危機在於水源，早在20世紀80年代以後，水源就是壹個致命的威脅。因為漳河水對紅旗渠的供水越來越少，導致的水源爭端不斷，付出的代價也比較沈重。
紅旗渠全長1500公裏，安陽官方的計劃是以紅旗渠總幹渠為申報保護範圍，從渠首到分水嶺站全長70公裏。多年前，民間就有紅旗渠申遺的聲音，去年借助紅旗渠通水50周年的機會，林州市召開了紅旗渠申報世界文化遺產工作動員大會，這標誌著醞釀多年的紅旗渠申遺工作正式啟動，由民間轉至官方層面。林州目前已經成立了壹個紅旗渠申遺專門機構，各項工作也在加快推進，清華大學建設設計研究院的專家已經加緊對紅旗渠文物保護的總體規劃進行編制工作。 紅旗渠申報世界文化遺產，壹方面有望更好地保護紅旗渠，進壹步提升其文化價值和歷史價值及在國內乃至國際上的知名度和影響力；另壹方面可以通過文化旅遊業帶動相關產業的發展，形成新的經濟增長點，促進生態環境改善。