館藏文物主要分為:古動物化石、書畫、陶瓷、玉器、石器、竹木、其他。
周波有舟山古跡展、舟山海洋漁業展、文物收藏展等七個常設展館。文物收藏以古動物化石和海洋漁業生物標本為特色。
1.海洋漁業展覽位於博物館寬敞的門廳和走廊，利用各種海洋標本、漁船模型、文字資料和背景圖片，繪制了壹幅海洋世界和傳統漁業的生動畫面。
二是傳統民居展示，以清末民初為特征，再現了舟山傳統民居的中堂、客廳陳設，濃縮了舟山居民生活、禮儀、交往的壹個側面，充滿濃郁的海島民俗風情。
三、日本氣仙沼市友好展覽館，以“春丸”船模、圖片等形式介紹氣仙沼市的地理位置、經濟、文化，回顧三個多世紀前舟山人民與兩地人民的深厚友誼，記錄65438年至0997年兩市友好交往的歷程。
第四，這些物品和其他實物展示了裏士滿的地理位置、經濟和文化，以及兩座城市自9月建立友好城市以來的友好往來和交流1994。
五是科技展廳展示了《看不見的人》、《壹筆壹劃》、《變鏡子》等15件(套)觀眾親身參與的科技展品，還有十余盤科技知識供參觀者瀏覽，讓觀眾從有趣的活動中輕松了解各種科學原理，受到科學的啟迪，是中小學生的“第二課堂”。
舟山古跡展由史前動物、原始家園、文明曙光、千年美麗港灣、沿海烽火五個專題組成。展現了舟山從21.9萬的更新世晚期到清末鴉片戰爭的歷史發展，凸顯了舟山在中外經濟文化交流和抗擊外來侵略中的重要地位。館藏文物將分批展示，包括博物館收藏的陶瓷、玉器、古字畫、雜項等文物，展示舟山古文化的底蘊。
舟山博物館有陶瓷、玉器、字畫等2000多件文物。近年來，該館註重海洋文化建設，收藏了壹批寧式家具、地方文獻和契約，以及舟山金塘海域的古菱形象、德國水牛、四象麋鹿等晚更新世古哺乳動物化石。為我們研究舟山舊石器文化，探索海洋古氣候、古地理等環境考古提供了實物證據。並為創建富有海洋文化特色的博物館準備了條件。
古代菱形象留下了下頜帶M3(編號:ZSMV105)，僅保留了水平支和壹小部分升支。水平支和上升支幾乎垂直相交，顎骨短而結實，內側垂直，外側明顯隆起，橫切面看起來呈半圓形。下頜孔有三個，下緣比較平，與牙齒咀嚼面平行。下頜骨高度17cm，保存長度47cm。M3冠中低，冠面明顯凹陷，16齒板，白堊質發育。齒板正面略凹，中間直，背面圓，“中裂溝”不發達。釉質層小褶皺較弱，厚度2-3 mm，臼齒長30cm，最寬9.2cm，脊頻率1.67(註:每10cm有5個牙板)。
四不像麋鹿的頭骨(編號:ZSMV017)，前半部分缺失，包括上頜骨、鼻骨和顴弓；角落只保存了右軀幹的下半部分。個體較大，角從額骨後部長出，縫合線明顯。牛角柄短，長3.6cm，截面圓形，直徑5cm；角關節近圓形，前後徑7cm，內外徑6.7cm，瘤樣突起明顯；樹幹表面溝紋明顯，前後徑5.7cm，內外徑5.1cm。推測是成年個體。根據四只活鹿的觀察，成年鹿的年齡是6歲，所以應該大於6歲。