任務結束時，謎底揭曉。
1962
故事從1962開始，當時美國國防部及其下屬的高級計劃局(DRAPA)秘密組建了壹支名為“黑色警戒”(Black Watch)的特種部隊；其初衷是用生化戰來抵禦來自美國和海外敵對勢力的壹切威脅。這支部隊的所有行動都是最高機密。1963，黑色守望的研究人員發現了壹種病毒。對靈長類動物的實驗表明，該病毒可以通過DNA融合，在基因水平上大幅提高物種的智力、力量等身體要素。他們將病毒命名為DX-1118。隨後，以該病毒為中心的“黑光”項目啟動。
1964
1964，黑光工程正式開始。“黑色守望部隊”在美國愛達荷州建立了壹個小鎮，取名“希望”，把壹批陣亡士兵的家屬遷到了這裏。他們謊稱這是模擬核戰爭後人類聚居區的實驗場，但被蒙在鼓裏的軍人家庭對真實計劃壹無所知。黑觀察給居民註射了病毒。此時，病毒似乎對感染者沒有任何影響。1965年，希望鎮上第壹個嬰兒出生，嬰兒體內註射到其父母體內的病毒變異似乎並沒有影響到嬰兒本身。然而，所有的平靜都在8月1968被打破。希望鎮突然爆發，黑表立刻封鎖了全鎮。近70%的居民被感染，其余被隔離在鎮上等死。將近壹年的人間地獄過去了，到了1969年7月，希望鎮上的400多名居民除了壹人之外全部死亡。唯壹的幸存者名叫伊麗莎白·格林(遊戲中的緊身衣馬尾辮女孩伊麗莎白·格林)，被發現時她已經懷孕。黑表的清除立即開始了。他們帶走了伊麗莎白·格林並用核彈夷平了整個希望鎮。當時負責清理行動的是上尉·彼得·蘭德爾(遊戲中的獨臂將軍彼得·蘭德爾)。當伊麗莎白·格林強行把他帶走時，他被抓傷了。蘭德爾毫不猶豫地砍掉了自己的左臂來阻止感染(這是他獨臂的原因)，並且因為銷毀證據的立功表現而被提升為少校，後來成為將軍，成為了黑哨的最高指揮官(好像和最後壹個superme獵人有關)在希望鎮事件之後，黑光計劃停止了，黑哨部隊的最高宗旨改為“發現並消滅美國土地上所有未知的病毒活動，無論是人為還是自然原因”。伊麗莎白·格林在隨後的壹個月被轉移到馬裏蘭州迪特裏希堡的“黑色警戒”基地，在那裏她生下了壹名男嬰。黑表給她起了個代號PARIAH(意思是“碰不得”，網上有人以為是蘭德爾，但絕對不是)，把她從媽媽身邊帶走了(孩子的命運暫時不能壓)。在接下來的幾十年裏，格林與外界完全隔絕。有證據表明，在此期間，她沒有生長、出汗、抽搐甚至眨眼，處於完全靜止的狀態，仿佛在等待著什麽。
1989
1989年，雷蒙德·麥克馬倫博士(遊戲中持槍自殺的眼鏡男雷蒙德·麥克馬倫)創立了GENTEC，成為黑表的下屬研究機構。他認為黑表目光短淺，認不出DX-1118病毒的價值，於是重啟黑光計劃，放了伊麗莎白·格林。後來，他招募了主角阿歷克斯·墨瑟和凱倫·帕克(遊戲中的金發OL凱倫·帕克)，後者後來成了亞歷克斯的女朋友。後來黑哨發現GENTEC重啟了禁忌實驗，意圖打壓。就在這個時候，阿歷克斯·墨瑟偷了壹小瓶病毒樣本，在凱倫·帕克的幫助下逃離，為了揭露這個對人類危害極大的秘密計劃，卻在車站遇到了前來攔截的黑哨臥底特工。絕望的阿歷克斯·墨瑟打破瓶子釋放了病毒，他被當場擊斃。因為是在車站，當時很多市民都被感染了，曼哈頓的大規模爆發也埋下了伏筆。阿歷克斯·墨瑟在警察局被槍擊時已經死了，然後在停屍房醒來。大家在遊戲裏壹直操縱的東西，根本不屬於人類。是破瓶子裏的病毒沾到亞歷克斯身上後，亞歷克斯的外形和性格的遺傳。遊戲的名字“原型”也是指他。在遊戲的某壹關，還能聽到將軍的話:“不！已經不可能給他打電話了！應該是‘它’！”後來在電話裏，還可以看到亞歷克斯和他的“合作者”的對話:“啊...妳已經不是人類了，妳只是“黑色守望者”的病毒。”至於伊麗莎白·格林在等什麽，那就是“原型”會釋放她，格林的那句“我是妳媽媽”並不是說“原型”是她生下的嬰兒，而是原型病毒來自於她。遊戲越發展，遊戲的內涵就越清晰:人類犯下的錯誤只是被掩蓋了再掩蓋，掩蓋不了就不惜壹切代價毀滅。然而，18天前剛剛出生的病毒“亞歷克斯”卻懂得保護壹些東西:保護自己的“妹妹”，保護人類文明不被毀滅(遊戲最後，曼哈頓將被軍方用核彈摧毀)，不讓希望鎮的悲劇重演。這些，不得不佩服劇情的編輯！