第壹樣本量比較少，比如壹些CTC細胞（循環腫瘤細胞），數量比較少，需要特殊擴增才能達到測序的要求。
第二，組織有異質性，比如說我們進行癌組織的測序，取樣很難保證組織細胞都為癌細胞。
第三，胚胎發育過程中，研究發育過程中的基因組或者轉錄組或者表觀遺傳的變化。比如8細胞的時候看看來自父母本的基因來源的差異表達或甲基化圖譜。