四合院歷史悠久。早在3000年前，中國的西周就有完整的四合院。陜西省岐山縣鳳雛村周元遺址出土的金良四合院建築遺存，是中國已知最早、最有序的四合院。
到了漢代，四合院建築有了新的發展。受風水理論的影響，四合院從選址到布局都有壹整套陰陽五行觀。到了唐代，四合院繼承了漢代和宋元，前窄後窄。
元明清時期，四合院逐漸成熟。元世祖·忽必烈下令將八畝土地分給前往大都市建房的富商和官員，從而開始了北京傳統四合院大規模形成的時期。上世紀70年代初，北京後營房胡同出土的元代四合院遺址，可以算是北京四合院的雛形。明清以後，逐漸形成了北京獨特的四合院建築風格。