B、酵母菌發酵底物是壹般是葡萄糖，醋酸菌的發酵底物是葡萄糖或者乙醇，B錯誤；
C、毛黴等多種微生物分泌的蛋白酶，能將蛋白質分解成小分子的肽和氨基酸，脂肪酶可將脂肪分解成甘油和脂肪酸，C正確；
D、制作果酒、果醋和腐乳過程都需要微生物的生長繁殖，果酒制備的菌種是酵母菌，果醋制備的菌種是醋酸菌，腐乳制備的菌種是毛黴，D錯誤．
故選：C．