機關向國家綜合檔案館移交前，應當按照有關規定做好移交檔案密級的變更或者撤銷工作，並提出控制和開放意見。兩項任務完成後，檢索工具要根據結果進行更新和調整。
紙張等傳統載體文件的傳遞方式是實體傳遞。由於電子檔案自身的特點，電子檔案的移交有線上和線下兩種方式。《機關檔案管理規定》對兩種移交方式采取開放態度，要求電子檔案可以在線或離線移交。
檔案移交程序是指檔案向圖書館移交時，機關與國家綜合檔案館核對待移交檔案，填寫移交文書，雙方簽字確認移交結果的過程。