玉溪農業職業技術學院的校徽設計，以綠色為標誌的色彩，能很好地展現學校的性質和學科特色，同時也表明學院是壹個充滿活力和青春的校園，色彩最活潑，親和力強。
造型設計由壹片普通樹葉變形而成，構圖簡潔，體現了學校以農業學科為優勢的特色，寓意我院在人才培養、服務社會等各項事業中不斷取得豐碩成果。這片向上生長的綠葉象征著成長，象征著學院日新月異的發展趨勢，象征著全院師生凝心聚力、追求卓越的堅定信念，以及求實敬業的優良校風。這片綠葉也像壹只飛翔的白天鵝，寓意著今天的玉溪農業職業技術學院，經過近60年的發展，呈現出生機勃勃的廣闊發展前景。標誌右上方的綠色部分構成了壹本打開的書，體現了教育的特色，體現了農業職業院校學生的求知和探究精神。