南陽水師由兩江總督兼南洋貿易大臣沈葆楨於1875年正式成立。南洋海軍負責的海域是江浙壹帶，泊位主要是上海和南京。到1909，南北合並，組成巡洋艦艦隊和長江艦隊。南洋艦隊正式消失。
福建水師:為加強臺灣海峽防禦，清廷於1879年7月4日發布上諭。清政府下令先將福建局的船只訓練成軍，福建海軍宣告成立。中法戰爭前，福建船政海軍已經成為中國最大的艦隊，其基地是馬尾軍港。1884年8月22日爆發的麻江海戰中，船政和海軍幾乎全軍覆沒。
廣東水師是清末部署在南海的壹支艦隊，由兩廣總督掌管，主要基地設在廣州黃埔。