主要根據病因分為外感病和內傷兩大類。
1.外感病:傷寒、瘟疫、氣血、三焦六經。
2.內傷雜病:臟腑經絡病，氣血津液病。
此外還有病機分類和臟腑分類。本書以病因分類為基礎，將外感疾病和內傷疾病分為七大類:肺病、心臟病、脾胃病、肝膽病、腎病、氣血津液病、四肢經絡病。
(2)命名
主要依據病因、病機、病理產物、病位、主要癥狀和特點，但多以臨床癥狀和體征命名。
本書以病因分類為基礎，以臟腑分類為依據，分為七類: