根據2009年《水中氯離子對氨氮測定的影響及消除》報告，當氯離子濃度大於1100mg/L時，氨氮汽提塔的數據已超過標樣允許範圍，氯離子濃度越高，氨氮汽提塔的氨氮分離效果越差。當氯離子含量達到2000mg/L時，氨氮汽提塔的效果將減弱77.9%。
美國國防環境保護局發表的研究報告指出，用氨氮汽提塔處理含有高濃度氯離子的廢水時，大氣對氯離子的影響很小，但塔內的銅催化劑對氯離子的吸附能力很強，容易使催化劑中毒，從而降低氨氮的去除效率。