在文件系統中，數據冗余大，浪費存儲空間，容易造成數據不壹致；在數據庫系統中，數據面向整個系統，數據可以被多個用戶和應用程序共享，從而減少數據冗余。
文件系統中的文件服務於特定的應用程序。當要修改數據的邏輯結構時，必須修改應用程序，也必須修改文件結構的定義。數據和程序之間缺乏獨立性。在數據庫系統中，通過DBMS的二級映像實現數據的物理獨立和邏輯獨立，數據的定義與程序分離，減少了應用程序的維護和修改。
文件系統和數據庫系統都可以長期保存數據，數據由數據管理軟件管理。數據庫系統是在文件系統的基礎上發展起來的。