由於三峽工程於2003年5月開始蓄水，古鎮原址將全部沈寂於滔滔的大寧河水之下。2002年2月21日正式啟動的大昌古鎮整體搬遷工程，全鎮按原貌在距舊址8公裏外的西包嶺下的大昌湖旁復建，這是世界古民居保護史上的奇跡。
大昌古鎮的復建嚴格按照修舊如舊的原則進行。建築在拆除時就壹壹編上號碼，運到復建場所再按號碼壹壹拼裝成原樣。
目前，房屋建築基本復建完成，形成了南大門、溫家大院、明代書院等千年古鎮畫面，城內屋宇翹角飛檐，精巧別致，古風濃郁，呈現明清建築特色。
新古鎮將延續原有民風民俗，還將通過釀酒、織布等民間工藝表演再現古鎮的生活場景。
新大昌古鎮從2007年5月1日起正式向遊客開放。屆時，遊客遊小三峽風景區，除飽覽湖光山色外，還可以感受到千年古鎮的遺韻。