1.基因改造:轉基因大豆油是通過基因工程技術對大豆進行改造，可能引入特定基因，如抗蟲或抗除草劑基因。非轉基因大豆油由傳統大豆制成，沒有經過轉基因。
2.安全性爭議:轉基因食品的安全性壹直是壹個有爭議的話題。有人擔心轉基因技術可能給人類健康帶來潛在風險，也有人認為目前沒有確鑿證據表明轉基因食品有害。對於非轉基因大豆油，人們通常認為它更接近天然狀態，可能更符合壹些人對天然食品的偏好。
3.環境影響:轉基因作物的種植可能會對環境產生壹些影響，比如對生態系統和生物多樣性的潛在影響。種植非轉基因大豆通常被認為對環境影響相對較小。