蛋白質組學早期的研究範圍主要是指蛋白質的表達譜。隨著學科的發展,蛋白質組學的研究範圍不斷完善和擴大。蛋白質翻譯後修飾的研究已經成為蛋白質組研究的重要組成部分,也是壹個巨大的挑戰。蛋白質相互作用的研究也被納入蛋白質組學的研究範疇。蛋白質高級結構的分析是傳統的結構生物學。雖然有人試圖將其納入蛋白質組學的研究範圍,但目前仍是唯壹的。對於人類來說,蛋白質組學的研究最終將服務於人類健康,這主要意味著促進分子醫學的發展。例如尋找藥物的目標分子。很多藥物都是蛋白質,很多藥物的靶分子都是蛋白質。藥物也會幹擾蛋白質間的相互作用。
在基礎醫學和疾病機理的研究中,了解不同發育階段、不同生理病理條件和不同細胞類型的基因表達特征具有重要意義。這些研究可能會發現與特定生理或病理條件直接相關的分子,並進壹步為設計作用於特定靶分子的藥物奠定基礎。
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