抑制核酸合成的藥物主要有喹諾酮類、乙胺嘧啶和利福平、磺胺類及其增效劑。喹諾酮類藥物是有效的核酸合成抑制劑，抑制DNA旋轉酶和拓撲異構酶IV，抑制敏感細菌的DNA復制，導致細菌死亡。磺胺類藥物是對氨基苯甲酸(PABA)的類似物，可與二氫蝶酸合酶競爭並阻礙二氫。葉酸的合成；甲氧芐啶抑制細菌的二氫葉酸還原酶(比哺乳動物的二氫蝶呤合酶強5000倍)並阻止四氫葉酸的合成。二者合用可依次抑制二氫蝶呤合酶和二氫葉酸還原酶，起到阻斷和增強抗菌作用的雙重作用。利福平能抑制細菌依賴DNA的RNA聚合酶，阻礙mRNA合成。核酸類似物如齊多夫定、阿昔洛韋、阿糖胞苷和其他必需酶抑制病毒DNA合成並終止病毒核酸復制。