根據農村的實際情況，玉米稭稈發酵可分為糞水自然發酵和尿素麥麩發酵兩種方法。
第壹種方法是，在中國南方，人們餵豬的時候，有化糞池，是豬的糞便和尿液的混合物，還加上長期浸泡在水中的糞水。將這種糞肥倒在切碎的玉米稭稈上，徹底攪拌均勻，然後堆起來不到壹米的高度。然後蓋上壹層薄薄的實用土，讓它自然發酵。這樣過了五個月，第二年春天播種就可以做基肥了。
另壹種方法適用於無糞肥的麥麩尿素快速發酵。這種方法相對來說比較麻煩。做法是每1000 kg玉米稭稈段使用1 kg發酵劑，5 kg麥麩，3 kg尿素。首先用3%的水溶液稀釋尿素備用。堆放玉米稭稈時，每隔20厘米厚撒上或噴上上述添加劑，然後澆水，再用較厚的塑料薄膜覆蓋。這樣每隔15天就要翻壹次堆，翻的時候要持續灑水。經過三輪發酵，基本完成。如果沒有及時使用，就繼續堆，越久越好。