與傳統合作醫療制度相比，新型農村合作醫療制度具有六個特點:
壹是加大政府支持力度，進壹步完善個人繳費、集體扶持和政府資助相結合的籌資機制；
二是突出大病統籌，兼顧效益，適應各地經濟水平和群眾心理承受能力，重點解決農民大病致貧問題，保障水平明顯提高；
三是統籌層次提高，以縣為單位統籌，增強了抗風險和監管能力；
四是明確了農民自願參與的原則，賦予了農民知情權和監督權，提高了制度的公開性、公平性和公正性；
五是政府負責和指導建立組織協調機構、經辦機構和監督管理機構，加強領導、管理和監督，克服管理松散、粗放的弊端；
六是建立醫療救助制度，照顧弱勢人群的特殊情況。