1.創新形式化:壹些基層治理創新往往只註重形式創新，而忽視實際效果。為追求創新而創新，導致形式與內容脫節，不能真正解決實際問題。
2.缺乏科學規劃:壹些基層治理創新缺乏科學規劃，沒有充分考慮實際情況和長遠發展。導致創新項目難以繼續推進，甚至重復浪費。
3.缺乏人才支撐:基層治理創新需要具備壹定專業知識和技能的人才支撐。然而，壹些基層單位缺乏相應的人才儲備和培訓機制，難以有效實施創新項目。
4.考核評價機制不完善:基層治理創新的考核評價機制往往不完善，沒有充分考慮實際情況和長遠發展。因此，壹些創新項目只是應對評估和評價的正式創新。