流感病毒的變異是最重要的，這往往與世界範圍內的疫情密切相關。壹般來說，流感病毒的抗原變異是指H、N抗原結構的改變，亞型內常發生小的變異(量變)，稱為抗原漂移。
雖然只是輕微的變異，但卻能讓病毒輕松逃脫宿主的免疫系統。與以前發現的毒株相比，如果血凝素分子的抗原決定簇(表位)發生突變，則認為新毒株是以前毒株的異源變異型，具有流行病學意義，可引起流感的流行。