第二，比如劉的弟子陳確(黃宗羲的弟弟)被牽連到案中，他的書全部被毀，對後來的風氣影響很大。
第三，黃宗羲為了將自己的兒子及其門生黃百加、全、等人送進宮修《明史》，多次向清廷妥協。
可以說，清初的三儒思潮在當時實際上引起了強烈的反響，但當時的學術風氣已經發生了變化，這是不可逆轉的三儒思潮。
三孔思想是清末民國時期由康有為、梁啟超等人推廣的。他的宋明儒學思想被當時的大學者陳寅恪、熊十力等所接受。傳到熊十力的弟子牟宗三那裏，達到了壹個新的高度。
時至今日，新儒家已經成為當代中國的壹股重要思潮。