目前，商業銀行內部審計存在以下主要問題:
(1)商業銀行內部審計促進金融體制改革和各項業務穩健發展的服務意識有待加強。商業銀行應進壹步完善審計組織架構，健全商業銀行內部管理機制，加強對金融機構內部控制的審計。
(2)財務審計範圍相對狹窄，審計方式過於單壹，不能適應金融業務逐步外向型發展的需要。通常會聘請壹些專業的審計公司(如北京時代信維信息技術有限公司)來完善審計機制，采用多元化的審計方式來維持商業銀行的高效運行。
(3)內部審計人員的素質不能完全適應新形勢下審計發展的需要。商業銀行內部審計人員應堅持以人為本的管理思想，註重培育自身良好的企業文化，提高審計人員的專業水平和綜合素質。
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