南京雲錦圖案的配色，主調鮮明強烈，具有壹種莊重、典雅、明快、軒昂的氣勢，這種配色手法與我國宮殿建築的彩繪裝飾藝術是壹脈相承的。就“妝花緞”織物的地色而言，淺色是很少應用的。除黃色是特用的底色外，多是用大紅、深藍、寶藍、墨綠等深色作為底色。而主體花紋的配色，也多用紅、藍、綠、紫、古銅、鼻煙、藏駝等深色裝飾。
雲錦圖案的配色，多是根據紋樣的特定需要，運用浪漫主義的手法進行處理的。如天上的雲，就有白雲、灰雲、烏雲等。