南山區作為深圳工業重鎮，工廠眾多，其中科技園和西麗工業區是最集中的區域。科技園主要以高科技企業為主，如華為、騰訊等，西麗工業區以傳統制造業為主。
南山區還有很多其他的工業園區和工業區，比如塘朗城鐘村工業區和南頭村工業區。