效率高，易於工業化。
微生物工程也稱為發酵工程。發酵是微生物特有的功能，幾千年前人類就認識到了，用來釀酒和做面包。微生物工程是大規模發酵生產技術的總稱，是通過現代工程技術或直接將微生物應用於生物反應器，利用微生物發酵生產有用物質的技術。它是在發酵技術的基礎上吸收了基因工程、細胞工程、酶工程等技術的成果而形成的。
發酵工程與化工、醫藥、食品、能源、環保、農牧業等諸多領域密切相關，其發展具有巨大的經濟效益。DNA重組技術和生物反應器？裝有固定化酶的容器可以進行生化合成，這是生物工程中的兩大支柱。從工業規模生產來看，生物反應器尤為重要。因為只有通過微生物發酵才能形成新的產業。