生態農業系統主要由環境、生物、技術、投入和產出五部分組成。生態農業系統是開放的，其發展方向是為人類提供更多更好的農產品。生態農業系統與經濟效果相關，可持續發展的經濟效果是生態農業系統的重要標誌。例如，生態農業系統配備環保技術，使用保護性農業設備，使用優質高產品種，施用有機肥(種植綠肥作物，修建沼氣池生產沼肥和生物肥料)和生物及生物藥物防治病蟲害，不使用農藥和化肥等無機物。
傳統農業體系采用傳統的耕作方式，通過消耗自然資源和破壞生態平衡來增加產量。比如農業技術措施就是用無機肥料增產，用汙染環境的農藥控制病蟲害；土地開墾和森林砍伐(植被破壞)增加土地面積以提高產量。
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