傳染病
感冒、百日咳、腮腺炎、水痘和麻疹等傳染病是兒童頭痛的常見原因。雖然它們並不總是意味著大腦問題，但它們可能表明身體其他部位的疾病。
非傳染性疾病
非傳染性疾病如腎炎、腎病、高血壓、肝炎和肺病也可能引起頭痛。頭痛只是生病的壹個小征兆。
神經系統疾病
腦膜炎、腦炎、腦膿腫、腦寄生蟲、腦腫瘤、血管畸形等神經系統疾病也可能是孩子頭痛的元兇。特別是兒童腦腫瘤，其位置與成人不同，可能表現為頭痛、嘔吐，但沒有癱瘓、感覺異常等癥狀，容易被忽視。
環境因素
家庭矛盾，學校偏見，鄰裏糾紛等。可能會影響孩子的心理狀態，導致緊張性頭痛。