(1)醋酸纖維素膜對蛋白質樣品的吸附很小，不存在“拖尾”現象。染色後背景可完全脫色，各種蛋白染色帶可清晰分離，提高了測定的準確性。
(2)快速省時。由於醋酸纖維素膜的親水性比濾紙小，膜中含有的緩沖劑少，電滲效應小，電泳時大部分電流由樣品傳導，所以分離速度快，電泳時間短。壹般電泳需要45-60分鐘，加上染色和脫色，整個電泳大概90分鐘就可以完成。
(3)靈敏度高，樣品用量少。血清蛋白只需要2μl血清，甚至樣品體積小至0.1μl，僅含5μg蛋白的樣品也能得到清晰的分離帶。臨床醫學檢驗用這個來檢測病理狀態下微量異常蛋白的變化。
(4)應用廣泛。有些蛋白質用紙電泳很難分離，如胎兒丙種球蛋白、溶菌酶、胰島素、組蛋白等，用醋酸纖維膜電泳可以很好地分離。
(5)醋酸纖維素膜電泳染色後，經冰醋酸、乙醇混合溶液或其他溶液浸泡後，可制成透明幹板，有利於掃描定量和長期保存。