潔凈實驗室應盡量不引入或引入顆粒物(微生物)，不產生顆粒物(微生物)，不滯留顆粒物(微生物)。潔凈室的設計和建設應實現上述三個要素或三個基本要求。潔凈室的各種功能設施應采取相應的技術措施，如合理的平面布局，良好的人流和物流組織，必要的人物清潔措施；潔凈空調系統中應合理組織氣流，設置空氣預過濾、中間過濾、末端過濾等多種類型的空氣過濾器，整個系統及其設備的密封性應良好。在潔凈室建築及其裝修中，應選擇氣密性令人滿意的結構、墻體和吊頂材料及其連接結構、門窗等。設置必要的潔凈室清洗、清潔或者消毒、滅菌的技術措施和裝置；室內管道或裝置應盡量隱蔽或采用不適宜沈積且易於清洗的結構。
潔凈室的溫度、濕度和壓力應根據產品的生產工藝或使用要求確定。在設計特定的潔凈室時，如果業主或生產工藝沒有特殊要求，可以按照標準和規範的規定值進行設計。這裏需要說明的是，潔凈室與壹般空調房間的重要區別在於，潔凈室相對於室外環境、非潔凈室或潔凈室的鄰室必須保持壹定的壓差，應根據產品的生產工藝或使用要求確定保持壹定的壓差或負壓差。潔凈室的設計和建造是壹項綜合性技術。根據潔凈室的不同用途，需要設置不同的功能設施，如生產工藝與設備、空氣凈化、通風與空調、潔凈建築、電力與照明、消防與安全、高純物質供應、環保設施等。因此，各專業技術的密切配合是做好潔凈室工程設計和施工的重要條件。