在東南亞，佛教是泰國、老撾、柬埔寨、緬甸和越南的主要宗教。其中泰國、老撾、柬埔寨、緬甸主要是小乘佛教，也是國教。伊斯蘭教、基督教、印度教等其他宗教很少，但泰國南部有部分馬來人信仰伊斯蘭教，但數量不多。越南既有小乘，也有大乘。還有基督教、伊斯蘭教、印度教的傳播。由於特殊的地理和歷史原因，越南各宗教之間的劃分不清，宗教之間的相互演變和融合很普遍。佛教是新加坡的主要宗教，但印度教、基督教、伊斯蘭教和道教也有傳播。此外，印尼、馬來西亞、文萊以伊斯蘭教為主，但也有佛教等宗教流傳。基督教徒的分布在很大程度上取決於居住在緊密社區的族裔群體的情況。比如佛教主要是華人多的地方，印度教主要是印度人多的地方，馬來人自然是伊斯蘭教。菲律賓和東帝汶的主要宗教是天主教，影響很大。菲律賓南部棉蘭老島的大多數居民信奉伊斯蘭教。
泰國的宗教沖突主要是泰國南部伊斯蘭教和佛教的糾葛。靠近馬來西亞的泰國南部主要信奉伊斯蘭教。當地穆斯林經常襲擊佛教徒，造成大量佛教徒傷亡。曾經發生過佛教徒被穆斯林活活燒死的悲劇。
菲律賓獨立後，棉蘭老島南部的穆斯林分裂勢力與政府發生了長達20年的武裝沖突，約654.38+0.2萬人在沖突中喪生。菲律賓兩大宗教團體天主教和伊斯蘭教的對立由此而起。從而給國家造成了巨大的損失。