自堆肥方法發展以來，出現了許多堆肥方法，以滿足不同堆肥物料的堆肥需要。根據堆肥方式的不同，大致可分為頻繁堆肥、靜態堆肥和發酵倉堆肥三種類型。但就動物屍體堆肥而言，靜態堆肥模式或(1)發酵倉堆積靜態堆肥是處理動物屍體的首選方式，設備要求簡單，投資成本低，腐熟度高，穩定性好，也可建成金字塔形狀。條形靜態堆肥每3~7天翻壹次，金字塔形靜態堆肥每3~5個月翻壹次。在染病動物體內的病原微生物未被完全殺滅前，頻繁堆放可能導致病原微生物的傳播，同時會汙染堆放設備，甚至感染堆放人員。此外，頻繁翻堆會擾亂動物屍體周圍的菌群，幹擾動物組織的降解。2)發酵倉堆肥系統占地面積小，空間限制小，生物安全性好，不易受天氣條件影響。堆肥過程中的溫度、通風、水分等因素可以得到很好的控制，從而有效提高堆肥效率和產品質量。但該設備難以容納牛、馬等大型動物，因此僅適用於小型感染動物屍體的處理。
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