根據不同的分類標準，中醫流派可以有不同的分類方法。根據歷史時期，中醫流派可分為以下七類:
古代有三大門派:扁鵲派、黃帝派和白派。這是最早的三個流派，代表了古代對人體生理、病理、診療的認識和實踐。
傷寒學派:以張仲景為代表，主要研究外感病，提出六經辨證、醫證辨證，編撰《傷寒論》，是我國第壹部系統論述外感病診療原則和方法的經典著作。
脾胃學派:以李東垣為代表人物，主要研究內傷疾病，強調脾胃功能對人體健康的重要作用，編著《脾胃論》，是我國第壹部專門研究脾胃理論和臨床應用的經典著作。
滋陰派:代表人物是李時珍，主要研究因陰虛而生的疾病，提出了滋陰生津、清火的治療原則，編纂了《本草綱目》，是我國第壹部全面總結藥物藥性和用法的經典著作。
溫病學派:以吳有克為代表，主要針對明清時期流行的溫病傳染病，提出了溫病的辨證方法和清熱解毒的治療原則，編撰了《傷寒論》，是我國第壹部專門論述溫病理論和臨床應用的經典著作。
丹溪派:以陳為代表，主要強調辨證論治的靈活性和個體化，提出丹溪心法和辨證怪法，編著《丹溪心法》，是我國第壹部專門論述中醫診斷思想和方法的經典著作。
經方派:以葉為代表，主要主張回歸經典，重視對《內經》、《傷寒論》等古代醫書的學習和運用，編纂了《葉醫案》，是我國第壹部系統總結經方理論和臨床應用的經典著作。
學術流派:以北京中醫學院為代表，主要致力於中醫理論的整理、繼承和發展，特別是運用現代科學手段研究中醫理論，編寫了《中醫基礎理論教程》等規範教材，是當代培養中醫人才的主要途徑。