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2021-08-21 細觀pri-miRNA加工

?對於從事RNA,尤其是非編碼RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的人而言,miRNA的生物生成與功能主要包括:(1)轉錄生成pri-miRNA;(2)DROSHA在核內切割pri-miRNA,產生pre-miRNA;(3)pre-miRNA在Exportin-5的轉運下進入細胞質,在DICER的切割下形成miRNA duplex;(4)miRNA duplex加載到AGO中,形成RISC復合體,發揮生物學功能。但生命的獨特之處就在於其非單壹性,以miRNA為例,miR-451的加工就只需要DROSHA和AGO,不需要DICER。因此,為例根據精細評估miRNA的pri-miRNA加工,研究者建立體外DROSHA加工與測序方法,定量分析DROSHA在pri-miRNA上的切割位點與效率。

三言兩語

1.體外合成125bp 的pri-miRNA,經過T7 RNA聚合酶體外轉錄後,使用純化的DROSHA/DGCR8復合體進行體外切割,對切割產物進行小RNA測序,通過測序結果確定切割產物RNA的末端,進而可以評估DROSHA在pri-miRNA上的切割位點。

2.結果表明在評估的1881個miRNA中,僅758個miRNA是DROSHA依賴的,還存在大量的非DROSHA依賴的miRNA加工方式。此外也發現壹些DROSHA的切割位點存在顯著的差異:壹些pri-miRNA上的DROSHA切割位點很特異;壹些pri-miRNA上存在多個DROSHA切割位點;並且在壹些pri-miRNA上DROSHA僅產生切口(僅切割壹側的RNA);部分pri-miRNA上的DROSHA甚至與傳統的位點相反(更靠近pri-miRNA的3‘端)。

3.SRSF3作為DROSHA/DGCR8復合體的***調控因子,參與對pri-miRNAde 的加工。

Reference

Kim, K. et al. A quantitative map of human primary microRNA processing sites. Mol Cell (2021).

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