肛瘺不能自愈。不治療，肛周膿腫會復發，必須手術治療。治療原則是切開瘺管形成開放性傷口，促進愈合。手術方法有多種，應根據內口的位置和瘺管與肛門括約肌的關系選擇手術。手術的關鍵是盡量減少對肛門括約肌的損傷，防止肛門失禁，避免肛瘺復發。
1，瘺管切除術
這是壹種切開所有瘺管並通過肉芽組織生長來愈合傷口的方法。適用於低位肛瘺，由於瘺口在外括約肌深部以下，切開後只會損傷外括約肌的皮下部分和淺表部分，不會出現術後肛門失禁。
2.掛線療法
是利用橡皮筋或腐蝕性藥線的機械壓迫，緩慢切開肛瘺的方法。這種方法還具有操作簡單、出血少、換藥方便、皮筋脫落前無皮膚切口粘連等優點。
3、肛瘺切除術
切開瘺口，將瘺壁全部切至健康組織，創面不縫合；如果傷口較大，可部分縫合，部分切開，用油紗布填塞，使傷口從底部向外生長愈合。適用於低位單純性肛瘺。
同時需要註意的是，肛瘺術後傷口換藥是保證手術成功的關鍵問題。