胰腺癌患者接受傳統放療時，放射科醫生往往會控制劑量，擔心副作用過大。由於精確的劑量控制，臺灣省筆尖掃描質子治療從根本上減少甚至消除了放療的副作用。所以胰腺癌患者可以加大劑量等等，讓腫瘤細胞被殺死。
臺灣省筆尖掃描質子治療在治療胰腺癌的過程中，只能使腫瘤前端的組織受到極小的輻射，對腫瘤背面和側面的正常組織零輻射，幾乎不會損傷正常組織，可以保護心、腦、肺、胃腸道等重要組織和器官，減少胰腺癌患者在治療過程中的痛苦和副作用。
臺灣省提示掃描質子治療可降低繼發性癌癥的風險。研究表明，接受傳統放療的胰腺癌患者，其繼發癌的幾率會大大增加。臺灣省筆尖掃描質子治療不同於傳統的放射治療。這種方法可以更好地將其輻射劑量集中在靶上，使癌細胞集中消滅，可以顯著降低繼發癌的風險。