1.對於違章搭建的房屋，相關部門首先會要求其限期自行整改，並繳納相應的罰款；出賣或者以其他方式非法轉讓土地的，由縣級以上人民政府自然資源主管部門沒收違法所得；對違反土地利用總體規劃擅自將農用地改為建設用地的，限期拆除在非法轉讓的土地上新建的建築物和其他設施，恢復土地原狀，在非法轉讓的土地上新建的建築物和其他設施符合土地利用總體規劃的，予以沒收；
2.逾期仍不采取相關整改措施的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。而且當地人民政府會組織相關部門對其房屋的違法部分壹並強制拆除，並給予相應的補償。
法律依據:《國有土地上房屋征收與補償條例》第二十四條。
市、縣兩級人民政府及其有關部門應當依法加強對建設活動的監督管理，依法處理違反城鄉規劃進行建設的行為。
市、縣級人民政府作出房屋征收決定前，應當組織有關部門依法對征收範圍內未經登記的建築物進行調查、認定和處理。對已被認定為合法建築和未超過批準期限的臨時建築，應當給予補償；對違章建築和超過批準期限的臨時建築，不予補償。