酵母的主要作用是通過其產生的醇酶將糖轉化為酒精和二氧化碳。
曲黴的主要作用是通過其產生的酶水解澱粉或蛋白質。
醋桿菌的主要作用是將酒精氧化成醋酸。除了氧化酒精，它還可以氧化酒精和糖。如果使用澱粉質原料，壹般要經過澱粉糖化、酒精發酵、醋酸發酵三個過程。這三個過程中涉及的微生物主要是曲黴、酵母和醋桿菌。
曲黴的主要作用是通過其產生的酶水解澱粉或蛋白質。生產中常用的有甘薯曲黴、宇佐美曲黴、黑曲黴和米曲黴。
酵母的主要作用是通過其產生的醇酶將糖轉化為酒精和二氧化碳。生產中常用的有釀酒酵母及其變種，釀酒酵母和南陽5號(1300)酵母。
醋桿菌的主要作用是將酒精氧化成醋酸。除了氧化酒精，它還可以氧化酒精和糖。有些醋酸菌氧化糖產生琥珀酸、乳酸等。醋酸發酵還能產生酯類，可以增加醋的香氣。
所以有醋酸菌，但乳酸菌、甲烷桿菌或痢疾桿菌大概沒有。