傳統進化論認為進化量(即生物物種在壹段時間內的性狀進化總量)是漸變的總和，譜系漸變是進化的主流；不連續平衡理論認為，雖然漸變也會引起變異，積累形成新的物種，但在總變異中所占的份額很小，物種形成是進化的主流。
不連續平衡理論強調變異的隨機性和物種形成的地理隔離的必要性。它認為新物種形成的原料是個體突變，突變是非定向的。只要對適應無害(中性)，就有可能突破自然選擇的屏障，形成新的物種。它還強調，大多數新物種是由與親本物種地理邊緣隔離的孤立小種群形成的，因為在這個孤立種群中產生的突變不會因為基因交換而失去特征，大部分會被淘汰，少數仍可被選擇保留下來，形成新物種。