細菌菌落總數是指1g或1ml食品樣品在壹定條件下處理培養後所含的細菌菌落總數。它能反映食品的新鮮程度、細菌汙染程度、食品在生產過程中是否變質以及食品生產的壹般衛生狀況。因此，它是判斷食品衛生質量的重要依據之壹。
2、大腸菌群
大腸桿菌包括壹些中間類型的細菌，如大腸桿菌和產氣桿菌。這些細菌生活在人和溫血動物的腸道內，隨糞便排出體外。如果食物中大腸菌群較多，說明食物受糞便汙染較重。因此，以大腸菌群作為糞便汙染食品的衛生指標來評價食品質量具有重要意義。
3.病原菌
致病菌是能使人生病的細菌。針對不同的食物，不同的場合，要選取壹定的參考菌群進行檢驗。比如海鮮以副溶血弧菌為參考菌群，雞蛋和蛋制品以沙門氏菌、金黃色葡萄球菌和變形桿菌為參考菌群，米飯和面食以蠟狀芽孢桿菌、變形桿菌和黴菌為參考菌群，罐頭以耐熱芽孢桿菌為參考菌群等等。
4、黴菌及其毒素
中國還沒有制定模具的具體指標。鑒於很多黴菌會產生毒素，引起疾病，所以有必要對有毒黴菌進行檢測。例如:黃曲黴、寄生曲黴、桔青黴、島青黴、串珠鐮孢、禾谷鐮孢等。
5.其他指標
微生物指標還應包括病毒、肝炎病毒、豬瘟病毒、新城疫病毒、馬立克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒、豬水皰病毒等。此外，從食品檢驗的角度來看，寄生蟲也被許多學者列為微生物檢驗的指標:如旋毛蟲、囊蟲病、肉孢子蟲、蛔蟲、並殖吸蟲、弓形蟲、蟎蟲、姜片吸蟲、華支睪吸蟲等。