底部過濾器放置在水族箱的底部，由許多網板組成。網板可與水泵的進水管連接。水泵工作時，水通過網板底部的導流槽流入過濾罐，過濾後的水返回水族箱進行良好的水循環。它是培養硝化細菌的最佳過濾器，也是處理能力最強的過濾器，但它也有缺點。
優勢:
過濾面積大。水泵工作時，底部濾網與水族箱底部的縫隙中會產生虹吸效應，形成強大的水流將濾網上的汙物吸入過濾罐中。底部過濾器還可以根據魚和水族箱的大小增加水泵的數量，增加水的過濾能力。
缺點:
巨大的體積壹般會占用魚缸底櫃的空間，對水泵的要求也比較高，耗電量也比較大。水泵壹定要配好溢流，不然會滿水或者水泵幹涸！所以技術水平略高。使用底部過濾，水泵功率不能太小，底部水流太慢，容易滋生藻類。藻類會在緩慢的水流中大量繁殖。因此，在使用底部過濾器時，所用過濾器的功率必須較高，這樣可以提高底部水的流速，防止藻類在底部生活。底部濾網最大的缺點就是難清洗！壹旦過濾器或水族箱需要清洗，就要把底部的沙子全部拿出來。
底部過濾材料的放置順序:
第壹格，白棉，藤棉，第二格；細菌房、陶瓷環、玻璃環、過濾球等。(可以選壹個或者壹起用)；第三格，如果是最後壹格，可以放泵和加熱棒，如果不是，也可以放菌室或麥飯石；但是最後，妳需要給泵和加熱棒留壹個空間。