蜜丸的制備方法包括煉蜜、混藥、制條、制丸、包裝和儲存步驟。
蜂蜜的選擇和提煉是保證蜜丸質量的關鍵。壹般為乳白色、淡黃色，口感香甜，無雜質，稠如凝脂油，水分較少。但由於來源、產地、氣候的關系，其品質並不壹致。北方產的蜂蜜壹般水分較少，其中以荊條、棗花蜜最好，南方產的蜂蜜壹般水分較多。
煉蜜的目的是去除雜質，破壞酶，殺死微生物，蒸發水分，增強粘度。其方法是:小規模生產可用銅鍋或鍋直火加熱，文火冶煉；大規模生產可以通過蒸汽夾套罐和真空蒸發濃縮罐進行精制，最後過濾掉雜質。蜂蜜精制的程度分為嫩蜜、煉蜜、陳蜜。
嫩蜂蜜將嫩蜂蜜加熱至沸騰，溫度達到110 ~ 114度，顏色變化較暗，粘稠，水分損失3%左右。適用於含有較多脂肪、澱粉、粘液、糖和動物組織的處方。
煉蜜將嫩蜜繼續加熱至110 ~ 116度，會出現淡紅色有光澤的泡沫，用手摸有很強的粘性，但沒有白絲，失水約13%。它用於含有纖維、澱粉、糖和壹些油的配方。
老蜜加熱至棕紅色，有紅色光澤。用手很粘，能拉出白絲。蜂蜜溫度達到118 ~ 122度。適用於含有大量纖維素和礦物質的處方。