農村產權房只具有普通商品房的使用性質，不具有普通商品房的法律性質。因此，購房者的購房合同在法律上是無效的。在國家征地拆遷的情況下，由於農村產權房沒有國家承認的合法產權，購房者實際上只有房屋的永久使用權，拆遷補償款遠低於普通商品房。
由於農村產權房沒有在房管部門備案，不在政府機關對商品房的統壹管理範圍內，在房屋使用過程中，如果出現壹些房屋質量問題、公共設施維護問題，無法有效維權。開發資金和建設質量壹般需要銀行和政府，而農村產權房在這方面相對薄弱，幾乎沒有有效的機構，主要靠開發商自律進行開發建設。
房地產市場整頓的風險。因為農村產權房不屬於商品房，農村宅基地按照法律規定不允許向城鎮居民出售，所以宅基地歸村集體所有，村民享有使用權和繼承權，但不能轉賣。除了村民占用的部分，以新農村名義流向城鎮居民的部分，沒有明確的處置和管理辦法。
現在的鄉黨是小產權房，所謂的“小產權”是民間的通俗叫法。我國房地產相關的法律法規和制度中沒有這個概念。通常所謂的小產權房主要是指兩種:壹種是經政府相關部門批準土地、規劃、建設後，在農村集體建設用地上建設的城中村改造房屋；二是未經國家任何有關部門和環節批準，在租賃土地或非法占用土地上建設的房屋。