第壹，性質不同:
制度基礎審計是通過對內部控制制度的分析，確定實質性測試的時間、性質和範圍；風險導向審計是通過對固有風險和控制風險的定量分析，確定影響財務報表和檢查風險的重要因素，進而確定實質性測試的性質、時間和範圍。
第二，意義不同:
制度基礎審計的重點是在回顧內部控制各個環節的基礎上，找出內部控制的薄弱點；風險導向審計是在內部控制的基礎上發現重大舞弊的地方。
傳統模式:
審計風險受企業內在風險因素的影響，如管理人員的品行和能力、行業所處環境、業務性質、會計報表中容易出現錯報的項目、容易發生損失或挪用的資產、內部控制風險因素等，賬戶余額或各種交易出現錯報，內部控制未能預防、發現或糾正風險。
此外，由於註冊會計師未能發現賬戶余額或各種交易中的錯報風險，職業界迅速發展出審計風險模型，其中審計風險=重大錯報風險×檢查風險。
參考以上內容:百度百科-風險導向審計