傳統生物技術應該說從史前時代起就壹直為人們所開發和利用。在石器時代後期，我國人民就會利用谷物造酒，這是最早的發酵技術。
公元10世紀，我國就有了預防天花的活疫苗。
在西方，蘇美爾人和巴比倫人在公元前6000年就已開始啤酒發酵；埃及人則在公元前4000年就開始制作面包；1676年，荷蘭人Leeuwenhoek（1632—1723）制成了能放大170～300倍的顯微鏡，並首先觀察到了微生物；19世紀60年代，法國科學家Pasteur（1822—1895）首先證實發酵是由微生物引起的，並首先建立了微生物的純種培養技術，從而為發酵技術的發展提供了理論基礎，使發酵技術納入了科學的軌道；到了20世紀20年代，工業生產中開始采用大規模的純種培養技術發酵化工原料丙酮和丁醇；20世紀50年代，在青黴素大規模發酵生產的帶動下，發酵工業和酶制劑工業大量湧現。
發酵技術和酶技術被廣泛應用於醫藥、食品、化工、制革和農產品加工等部門。在今天看來，上述諸方面的發展，還只能被觀為傳統的生物技術，因為它們還不具備高技術的諸要素。