傳統育種是基因在（組合）方面的變化。
傳統育種是指利用比較舊的育種手段和自然的育種過程培育生物新品種的方法，與較新的利用分子生物學手段進行的較復雜的、有時甚至是激進的分子植物育種相對。與分子育種相對，傳統育種是指利用傳統育種工具通過傳統育種方式或過程進行的育種 。
育種者利用雜交技術將不同但通常近緣關系比較近的物種的理想性狀組合成新的品種。也指用誘變育種等獲得新品種的育種技術。傳統育種的產物只強化了存在於該物種內的具有遺傳潛力的目標性狀或利用理化處理對某個內在性狀進行了突變。
轉基因育種技術與傳統育種技術的區別
傳統育種是依靠品種間的雜交實現了基因重組，而轉基因育種是通過基因定向轉移實現了基因重組，兩者本質上都是通過改變基因及其組成以獲得優良性狀。轉基因育種的優勢在於可以實現跨物種的基因發掘。
拓寬遺傳資源的利用範圍，實現已知功能基因的定向高效轉移，使生物獲得人類需要的特定性狀，為高產、優質、高抗農業生物新品種培育提供了新的技術途徑。轉基因育種基於對基因進行精確定向操作的育種方法，效率更高，針對性更強。