首先是薪資調查的不正確因素。壹般而言，制訂企業薪酬方案決不能粗線條地觀察市場總體行情，而須根據本企業行業性質、產品、規模、人員結構、支付能力、平衡水平、地理位置等因素綜合考慮進行市場調查。采集的樣本數據要盡可能真實可靠，否則，只會“以訛傳訛”。
其次是職級職等的設定有許多因素導致巨大的偏差。例如“長官意誌”的影響，有些崗位，管理者認為很重要，職級定得很高，事實卻並非如此；有的崗位職級定得較低，但以該職級的薪酬在市場上根本無法錄用到合適人才。這種不科學的排序，必然導致薪酬方案的失效。
三是企業已有的薪酬結構很難整合。有些老企業早已“壹個蘿蔔壹個坑，各人自有壹本賬”，忽然間要“科學管理”，眾人便難以接受。假如薪酬標準是往上擡，肯定沒問題；如往下調，則必定招致大家的反對，新方案極有可能不了了之。