1，發酵過程壹般來說都是在常溫常壓下進行的生物化學反應，反應安全，要求條件也比較簡單。
2，發酵所用的原料通常以澱粉、糖蜜或其他農副產品為主，只要加入少量的有機和無機氮源就可進行反應。微生物因不同的類別可以有選擇地去利用它所需要的營養。基於這—特性，可以利用廢水和廢物等作為發酵的原料進行生物資源的改造和更新。
3，發酵過程是通過生物體的自動調節方式來完成的，反應的專壹性強，因而可以得到較為單—的代謝產物。
4，由於生物體本身所具有的反應機制，能夠專壹性地和高度選擇性地對某些較為復雜的化合物進行特定部位地氧化、還原等化學轉化反應，也可以產生比較復雜的高分子化合物。
5，發酵過程中對雜菌汙染的防治至關重要。除了必須對設備進行嚴格消毒處理和空氣過濾外，反應必須在無菌條件下進行。如果汙染了雜菌，生產上就要遭到巨大的經濟損失，要是感染了噬菌體，對發酵就會造成更大的危害。因而維持無菌條件是發酵成敗的關鍵。
6，微生物菌種是進行發酵的根本因素，通過變異和菌種篩選，可以獲得高產的優良菌株並使生產設備得到充分利用，也可以因此獲得按常規方法難以生產的產品。
7，工業發酵與其他工業相比，投資少，見效快，還可以取得顯著的經濟效益。